Początkowo wieś na południe od Starych Szkotów, w odległości 4 km od dawnych fortyfikacji miejskich Starego Przedmieścia. Jej pierwotna lokalizacja wiązała się z płynącym do połowy XIV wieku bezpośrednio do Motławy Potokiem Oruńskim (Oraną), przy czym zaczątek osady powstał w miejscu, gdzie ciek ten krzyżował się z prowadzącym do Gdańska od południa ważnym szlakiem handlowym Via Mercatorum (obecnie Trakt św. Wojciecha). Po wybudowaniu w połowie XIV wieku Kanału Raduni zabudowa rozwijała się głównie na tzw. niskiej (wschodniej) jego stronie, gdzie w rejonie obecnego przystanku kolejowego Gdańsk-Orunia ukształtował się rodzaj rynku, a właściwie dwóch połączonych ze sobą placów: większego (stanowiącego zakończenie obecnej ul. Żuławskiej i Smętnej) i mniejszego (w rejonie obecnej ul. Gościnnej), które tworzyły charakterystyczny dla wielu wsi tego obszaru układ urbanistyczny, tzw. placowy. Zachodnia, wysoka strona kanału, początkowo słabiej zasiedlona, stworzyła korzystną przestrzeń dla zabudowy dworskiej i parkowej (Park Oruński), w mniejszym stopniu mieszkalnej (ul. Nowiny, Ptaszniki).
Osadnictwo na tym terenie istniało już w epoce brązu (1500 lat p.n.e.). Z Orunią wiążą się wykopaliska archeologiczne dotyczące X–XI wieku. W XVII–XVIII wieku obok gospodarstw rolnych i drobnych zakładów rzemieślniczych pojawiły się także letnie rezydencje i dworki gdańskich patrycjuszy. W 1757 roku nabył tu grunt w dolnej części osady Andreas Schopenhauer, dziadek filozofa, Artura. Ufundował on m.in. aleję lipową. W 2. połowie XIX wieku postępowała dalsza modernizacja osiedla, ponadto coraz silniejsze powiązanie z Gdańskiem. W 1869 w sąsiedztwie Parku Oruńskiego i wznoszącej się w nim Góry Pięciu Braci zbudowano wielki zbiornik wodny, rezerwuar wody dla okolicznych osiedli, zasilany wodociągiem aż spod Pręgowa. Podczas działań wojennych w 1945 roku Orunia zaliczała się do dzielnic mniej zniszczonych, niemniej jednak poważnie uszkodzone zostały obiekty sakralne Po wojnie nastąpiła częściowa wymiana ludności, jednak z racji zamieszkiwania tu przed wojną wielu Polaków, niektóre zakłady usługowe i sklepy kontynuowały swoją działalność pod niezmienionymi szyldami. Już w kwietniu 1945 wznowiła działalność pierwsza z oruńskich szkół (Szkoła Podstawowa nr 9) przy Małomiejskiej 58. W roku1946 w budynku po dawnym domu poprawczym Johannishof przy ul. Żuławskiej 19 powstało Państwowe Liceum (potem Technikum) Wodno-Melioracyjne (po rozszerzeniu oferty edukacyjnej od 1976 Zespół Szkół Rolniczych, a od 1996 Zespół Szkół Inżynierii Środowiska), które w latach 1951–1952 otrzymało nowy budynek szkoły oraz internatu przy ul. Smoleńskiej 5/7. Luterański kościół św. Jerzego przejęli katolicy w 1945 roku i został on oddany do dyspozycji zgromadzeniu salezjanów. W budynkach zaplecza dawnej restauracji Zur Ostbahn umieszczono najpierw warsztaty mechaniczne; po renowacji i przebudowie tego obiektu w 1953 znalazł tu lokum Dzielnicowy Dom Kultury. Do czasu wybudowania w roku 1962 kina Kosmos w domu kultury funkcjonowało kino Jutrzenka.
W 2001 roku Orunia ucierpiała podczas wielkiej powodzi po ulewnym deszczu (przerwały się wówczas wały na Kanale Raduni oraz na rzece Raduni).
