Dzięki prężnym działaniom członków gminy i odpowiednio hojnym datkom wielu sponsorów, w 1984 r. wmurowano kamień węgielny i rozpoczęto budowę, która trwała do roku 1990. Uroczyste poświęcenie meczetu zgromadziło przedstawicieli polskich Tatarów, środowiska muzułmańskiego, dyplomatów krajów w których dominuje islam, oraz władz państwowych i mieszkańców Gdańska zainteresowanych kulturą wschodu.
Gdański meczet, jeden z czterech czynnych ośrodków kultu muzułmańskiego w Polsce, jako jedyny jest obiektem murowanym i jako jedyny posiada minaret, czyli smukłą wieżyczkę, przeznaczoną dla muezzina, który mógłby stamtąd, choć w Oliwie się tego nie robi, wzywać wiernych na modlitwę. Meczet nosi imię Dżamala ad-Dina al-Afganiego, dziewiętnastowiecznego poety urodzonego w Iranie, a czynnego w wielu krajach muzułmańskich, działacza kulturalnego i politycznego, filozofa i twórcy idei panislamizmu, głoszącej jedność i zgodę wśród muzułmanów niezależnie od języka i pochodzenia, a także konieczność otwarcia islamu na wyzwania współczesności.
Gdańska gmina muzułmańska istnieje formalnie od 1959 r., stanowiąc część Muzułmańskiego Związku Wyznaniowego RP.
Gdański meczet stał się w latach 90. areną ciekawego zjawiska wpisującego się całkowicie w pojęcie wielokulturowości. Na gruncie gdańskiej mniejszości muzułmańskiej pojawiła się bowiem silna rozbieżność pomiędzy tradycyjnym "tatarskim" islamem, od wieków funkcjonującym w otoczeniu katolicyzmu i prawosławia, a dużo bliższymi źródeł formami kultu, który przynieśli ze sobą studenci z krajów arabskich. Przez pewien czas odbywały się nawet w meczecie osobne nabożeństwa dla obu różniących się wspólnot. Problem pogodzenia dwóch odrębnych nurtów "gdańskiego" islamu był procesem długim, skomplikowanym i trwa właściwie do dzisiaj, skutkując specyficznymi dla Gdańska rozwiązaniami teologiczno-liturgicznymi wspólnoty składającej się z gdańskich tatarów i osiadłych w Mieście imigrantów z krajów muzułmańskich, którym przewodzi imam będący Arabem, mąż gdańskiej Tatarki.
