W realizacji zadań Wydział Edukacji współpracuje ze wszystkimi wydziałami Urzędu, jednostkami organizacyjnymi Miasta oraz z gminami obszaru metropolitalnego, a w szczególności z:
- Wydziałem Budżetu Miasta i Podatków w zakresie planowania i wykonywania budżetu, wieloletniej prognozy finansowej
- Wydziałem Finansowym w zakresie realizacji dochodów i wydatków Urzędu oraz ewidencji księgowej mienia
- Wydziałem Rozwoju Społecznego w zakresie realizacji działań z obszaru polityki społecznej, w szczególności: zdrowia publicznego, aktywności lokalnej, pieczy zastępczej
- Wydziałem Projektów Inwestycyjnych w zakresie planowania inwestycji oraz realizowania projektów finansowanych z funduszy zewnętrznych
- Wydziałem Spraw Obywatelskich w zakresie danych demograficznych
- Wydziałem Środowiska w zakresie wprowadzania edukacji ekologicznej
- Wydziałem Kadr i Organizacji w zakresie prowadzenia spraw pracowniczych kierowników jednostek organizacyjnych podległych Miastu oraz organizowania i przeprowadzania wyborów i referendów
- Biurem Prezydenta oraz Biurami Prezydenta ds. Kultury i ds. Sportu w zakresie edukacji kulturalnej i artystycznej, prowadzonych akcji edukacyjnych i społecznych, organizacji uroczystości, spotkań i imprez
- Wydziałem Bezpieczeństwa i Zarządzania Kryzysowego w zakresie ochrony przeciwpożarowej nadzorowanych placówek
oświatowych i oraz organizacji kwalifikacji wojskowej - Biurem Rady Miasta Gdańska w zakresie przeprowadzania wyborów do Młodzieżowej Rady Miasta
Gdańska - Biurem Energetyki w zakresie poprawy efektywności energetycznej budynków użyteczności publicznej
- organami dzielnic Miasta w zakresie działalności podległych placówek
- Dyrekcją Rozbudowy Miasta Gdańska w zakresie stanu technicznego placówek oświatowych
- Pomorskim Kuratorium Oświaty w Gdańsku w zakresie spraw wynikających z nadzoru pedagogicznego nad publicznymi i niepublicznymi szkołami i placówkami oświatowymi
- Wojewódzkim Urzędem Pracy w zakresie wdrażania projektów programów stypendialnych dla uczniów i studentów finansowanych z Europejskiego Funduszu Społecznego
- Gdańskim Urzędem Pracy w zakresie opiniowania sieci szkół ponadpodstawowych i kierunków kształcenia w szkołach zawodowych
- innymi gminami i powiatami w zakresie zawierania porozumień z zakresu edukacji
- Okręgową Komisją Egzaminacyjną w zakresie pozyskiwania i przetwarzania danych z wyników egzaminów zewnętrznych
- instytucjami i organizacjami działającymi na rzecz dzieci i młodzieży, oraz fundacjami realizującymi zadania z zakresu nauki, oświaty i wychowania
- innymi podmiotami publicznymi, społecznymi, biznesowymi w zakresie tworzenia i realizacji polityki edukacyjnej Miasta
- wydziałami i jednostkami organizacyjnymi Miasta przy przygotowywaniu i realizacji projektów współfinansowanych z funduszy Unii Europejskiej i innych źródeł zewnętrznych, w tym pozabudżetowych
- Gdańskim Centrum Świadczeń w realizacji Gdańskiego Bonu Żłobkowego
- Zarządem Transportu Miejskiego w Gdańsku w zakresie dowożenia uczniów do szkół.
Wydział Edukacji wykonuje zadania związane z nadzorem nad działalnością:
- przedszkoli, szkół podstawowych i szkół ponadpodstawowych dla młodzieży i dorosłych
- Specjalnego Ośrodka Szkolno – Wychowawczego nr 2
- Specjalnego Ośrodka Rewalidacyjno – Wychowawczego dla Dzieci i Młodzieży z Autyzmem
- centrów kształcenia zawodowego ustawicznego
- Pałacu Młodzieży
- poradni psychologiczno – pedagogicznych
- Szkoły Muzycznej I stopnia
- Gdańskiego Zespołu Schronisk i Sportu Szkolnego
- Bursy Gdańskiej
- Gdańskiego Zespołu Żłobków.