W realizacji zadań Biuro współpracuje ze wszystkimi wydziałami Urzędu, jednostkami organizacyjnymi Miasta oraz z gminami obszaru metropolitalnego, a w szczególności z:
- Wydziałem Środowiska w zakresie przygotowania i opracowania Polityki Zielonego Ładu w Gdańsku – Gdański Pakt dla Klimatu oraz stosowania odnawialnych źródeł energii;
- Wydziałami Infrastruktury, Edukacji, Rozwoju Społecznego, Gospodarki Komunalnej, Biurem Prezydenta ds. Kultury, Gdańskimi Nieruchomościami w zakresie poprawy efektywności energetycznej budynków użyteczności publicznej;
- Wydziałem Projektów Inwestycyjnych w zakresie Bazy Projektów Inwestycyjnych oraz realizowania projektów finansowanych z funduszy zewnętrznych;
- Biurem Zamówień Publicznych w zakresie wspólnych zamówień publicznych na zakup energii elektrycznej, paliw gazowych oraz zaopatrzenia w ciepło;
- Biurem Rozwoju Gdańska w zakresie opiniowania projektów planów zagospodarowania przestrzennego;
- wydziałami Urzędu i jednostkami organizacyjnymi Miasta w zakresie opiniowania zadań inwestycyjnych, programów oraz strategii dotyczących zaopatrzenia w ciepło, energię elektryczną, paliwa gazowe oraz efektywności energetycznej;
- przedsiębiorstwami energetycznymi, uczelniami krajowymi i zagranicznymi oraz organizacjami propagującymi efektywne użytkowanie i zarządzanie energią.