W październiku 2018 roku na ścianach, filarach, sklepieniach i posadzce pojawiły się pęknięcia. Ze względów bezpieczeństwa kościół został zamknięty. Przypuszczano, że jedną z możliwych przyczyn pęknięć są wysychające pale, na których posadowiona jest świątynia.
Rozpoczęły się prace mające na celu ratowanie zabytku. W pomoc zaangażowało się też Miasto Gdańsk. Prace w świątyni prowadzone są pod nadzorem archeologa. Gdańscy dominikanie poinformowali właśnie, że:
"w ramach prac związanych z ratowaniem zabytkowej Bazyliki pw. Świętego Mikołaja w Gdańsku wykonano już sondaże, w celu sprawdzenia stanu fundamentów budynku. Dzięki wykonanym odkrywkom stwierdzono, że ściany kościoła posadowione są na kamiennych ławach fundamentowych, wykonanych w wąskim wykopie. Pod fundamentami nie występują pale drewniane a ławy kamienne spoczywają bezpośrednio na gruncie rodzimym."
Wszystkie prace w zamkniętej świątyni prowadzone są pod stałym nadzorem zespołu specjalistów.
Z informacji zakonu dowiadujemy się też, że w wykopie wykonanym przy ścianie południowej nie natrafiono na pochówki, stwierdzono jedynie obecność kości ludzkich ułożonych na wtórnym złożu, w obrębie warstw zalegających poniżej posadzki.
Natomiast w wykopie wykonanym przy jednym z filarów stwierdzono obecność pochówków, w znacznej części naruszonych.
W trakcie prac pozyskano z warstwy inhumacyjnej nieliczne przedmioty zabytkowe - między innymi drobne dewocjonalia i fragmenty obuwia. W ciągu kilku tygodni planowane jest zakończenie uzupełniających badań i pomiarów rekomendowanych przez Główną Komisję Konserwatorską.
Czytaj też: Kościół Św. Mikołaja zamknięty. Dominikanie apelują o pomoc