Dzięki zastosowaniu najnowszej generacji sekwenatorów Oxford Nanopore Technologies możliwe było rozkodowanie genomu wirusa bez dodatkowych procedur, które mogłyby wprowadzać zniekształcenia. Wcześniejszy genom z Polski, zdeponowany w bazie danych, pochodził z analizy wirusów namnożonych w laboratorium w liniach komórkowych.
- Materiał genetyczny musi spełniać wiele norm jakościowych i ilościowych, aby możliwe było jego odkodowanie - tłumaczy dr Łukasz Rębalski. - W przypadku wirusów, których materiałem genetycznym jest jednoniciowy RNA stosuje się metody zwielokrotniające ilość materiału genetycznego. Standardowo, do tej pory, działo się to poprzez powielanie cząstek wirusowych w laboratoriach. Obecnie, dzięki osiągnięciom w dziedzinie biologii molekularnej, można zastosować krótszą drogę, bez konieczności hodowli wirusa.
- Uzyskane dane pozwolą naukowcom z całego świata brać pod uwagę Polskę w swoich badaniach związanych z epidemiologią choroby COVID-19. Jest to ważny wkład w poznanie ewolucji molekularnej wirusa i w przyszłości może się przyczynić do wytypowania szczepionki oraz leków. Do tej pory w GISAID, w największej bazie danych, gdzie naukowcy z całego świata umieścili już ponad 5000 sekwencji, nie było ani jednego polskiego izolatu pochodzącego bezpośrednio od pacjenta - dodaje rzecznik Uniwersytetu Gdańskiego Beata Czechowska - Derkacz.
Materiał genetyczny został wyizolowany w Pracowni Biologii Molekularnej Diagnostyki sp. z o.o. która mieści się w 7. Szpitalu Marynarki Wojennej w Gdańsku. Laboratorium to powstało dzięki przekazaniu specjalistycznej aparatury przez Uniwersytet Gdański - dwóch termocyklerów Light Cycler 480 II, dwóch komór laminarnych klasy BSL-2 i sprzętu uzupełniającego. W prace diagnostyczne w laboratorium zaangażowani są pracownicy Diagnostyki oraz, jako wsparcie w okresie pandemii, doktoranci z Międzyuczelnianego Wydziału Biotechnologii UG i GUMed.
Aktualnie prowadzone są kolejne sekwencjonowania wirusów pochodzących od polskich pacjentów izolowanych również w Laboratorium Hematologii Uniwersyteckiego Centrum Klinicznego w Gdańsku, w ciągu najbliższych dni zaplanowano wysłanie kolejnych sekwencji. Uzyskane dane pozwolą naukowcom z całego świata brać pod uwagę również Polskę w swoich badaniach związanych z globalną epidemiologią choroby COVID-19, stanowią także ważny wkład w poznaniu ewolucji molekularnej wirusa.
Czytaj też: Prof. Tomasz Smiatacz z GUMed: - Czekam aż koronawirus w końcu złagodnieje ROZMOWA
