Jak podaje Marcin Tymiński, rzecznik Pomorskiego Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków w Gdańsku: "główne wnioski ze spotkania ostatniej Wojewódzkiej Rady Ochrony Zabytków, na którą zaproszono prof. Katarzynę Rozmarynowską i Wojciech Jankowskiego - członka Polskiego Towarzystwa Chirurgów Drzew. Na spotkaniu zwrócono uwagę na istniejące problemy z utrzymaniem Wielkiej Alei, wynikające m.in. ze stanu zdrowotnego drzew, niewłaściwego nawodnienia alei, zanieczyszczenia środowiska, wpływającego na stan drzew. Zwrócono również uwagę na konieczność prowadzenia rozmów pomiędzy służbami konserwatorskimi a przedstawicielami właściciela obiektu - Gminy Miasta Gdańska, przede wszystkim w celu przekazania zaleceń konserwatorskich i wskazania na konieczność zaktualizowania projektu rewaloryzacji alei w oparciu o zaktualizowaną inwentaryzację zieleni i najnowsze rozwiązania techniczne wprowadzane w zabytkowych zespołach zieleni (np. w zakresie systemu nawadniania)".
Drzewa do obecnej wycinki zostały wcześniej wytypowane przez specjalistów pracujących dla Miasta, podczas corocznego przeglądu technicznego drzewostanu. Oznaczono je jako potencjalnie zagrażające bezpieczeństwu ruchu drogowego nie tylko ze względu na zamieranie związane z wiekiem ale również z powodu bardzo zaawansowanego procesu murszenia pni, którego objawów bardzo często nie widać na zewnątrz.
Przeglądy techniczne wykonywane są przez zewnętrzne firmy specjalizujące się w ekspertyzach dendrologicznych. Wycinane obecnie drzewawiosną nie podjęły wegetacji. Specjaliści dokonujący przeglądu ocenili, że drzewa te są martwe i muszą zostać wycięte, ponieważ zostawienie ich w takim stanie może zagrażać bezpieczeństwu kierowców i tramwajów. Ponieważ Aleja wpisana jest do rejestru zabytków, prowadzone obecnie prace musiały uzyskać pozwolenie konserwatora i takie pozwolenie posiadają.
Decyzję o rozpoczęciu prac podjęto, gdyż według ekspertyz dendrologów Wielka Aleja zamiera i nie da się jej uratować. Przyczynami są naturalne procesy związane z wiekiem drzew. Spośród 1416 drzew, które oryginalnie tworzyły Aleję, dziś istnieje ok. 600, z tego około 100 z nich to te najstarsze, pamiętające lata 70. XVIII w. i czasy założyciela Wielkiej Alei - burmistrza miasta Gdańska Daniela Gralatha. Szczególnie w okresie pełnej wegetacji widać w jak złej kondycji są lipy, tworzące tę wyjątkową w skali Polski, barokową aleję.
Władze Miasta wiedząc o pogarszającym się stanie tego zabytku, już w 2007 roku zleciło szczegółową inwentaryzację stanu poszczególnych drzew i zleciło przygotowanie koncepcji rewaloryzacji. Prowadzone od tego czasu coroczne inwentaryzacje drzew niestety potwierdzają postępującą ich degradację. W tej chwili koncepcja jest aktualizowana. Prace są w toku, powinny skończyć się w pierwszym półroczu 2017 roku.
Już teraz wiadomo, że rewaloryzacja odbędzie się etapami i potrwa osiem, nawet 10 lat. Pierwszy etap obejmie najprawdopodobniej odcinek Alei od wlotu na Trakt Konny (przy Teatrze Miniatura) do skrzyżowania przy Operze Bałtyckiej. Prace będą obejmować: wymianę gleby, nowe nasadzenia, wykonanie systemu nawadniania oraz usunięcie kolizji z instalacjami podziemnymi. W miejsce starych drzew zasadzone zostaną młode – około 10-12 letnie lipy holenderskie, którym oryginalnie obsadzona była Aleja. Posadzonych będzie 800 drzew (dwoma szpalerami lip obsadzony ma być bowiem także Trakt Konny).
Szczegóły etapowania, dokładną liczbę drzew oraz kwestie finansowe będzie można jednak określić dopiero po zakończeniu aktualizacji dokumentów.