Kościół św. Trójcy jest drugim co do wielkości gotyckim kościołem Gdańska. Znajdujące się w nim organy są największym ruchomym zabytkiem na Pomorzu. Ich początek sięga lat 1616 – 1618, a za ich twórcę uznaje się Mertena Freise. W czasie II wojny światowej organy zostały rozebrane i w celu uchronienia ich przed zniszczeniem, wywieziono je na Żuławy. Po wojnie instrument wrócił do Gdańska. Trafił na kościelny strych.
Pomysłodawcą odbudowy organów był Andrzej Szadejko, który w 2002 dostał od teściowej wycinek z gazety, informujący o tym, że w Gdańsku odnaleziono barokowe organy. Dziś Szadejko jest koordynatorem całego projektu.
W 2011 r. zorganizowano Międzynarodowy Konkurs Organmistrzowski na koncepcję odbudowy organów. Wygrał Kristian Wegscheider z Drezna. To ten sam człowiek, który dzisiaj podpisał umowę na realizację ostatniego etapu prac. W 2012 r. rozpoczęto budowę instrumentu, jednocześnie dokonując renowacji szafy organowej. Pierwotnie ukończenie inwestycji zaplanowano na 2014 rok, ale brak wystarczających funduszy na to nie pozwolił.
Prace konserwatorskie i renowacja elementów zabytkowych pochłonęły 2mln 175 tys. złotych. Odbudowa samego instrumentu to kwota ponad 4 mln zł. Szacuje się, że całość inwestycji wyniesie niespełna 7 mln zł.
Franciszkanie zaczynali realizację projektu z odłożonymi na ten cel 10 tys. zł. Dotację przeznaczyło Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego. Miasto Gdańsk dołożyło 600 tys. Inwestycję wsparło też wiele gdańskich firm, spółek, ale i prywatne osoby. Ludziom spodobał się pomysł uwiecznienie siebie w takim projekcie. Na przestrzeni ostatnich lat znalazło się już ponad 400 chętnych z 8 krajów, którzy zdecydowali się zostać patronami piszczałek. Kosztują one od 200 zł do 35 tys, w zależności od wielkości. Zostało jeszcze 1000 piszczałek! Kto chciałby mieć swój udział w organowej sprawie, powinien działać teraz. Franciszkanom brakuje 300 tys. zł.
o wspaniałej gdańskiej muzyce z czasów, gdy organy w Św. Trójcy zabrzmiały po raz pierwszy przeczytasz tu: