Wyróżnia się w nim dwie części - gniazdową i wybieg, zwany areną.
Gniazdo zamieszkuje królowa składająca jaja oraz robotnice. Natomiast arena stanowi miejsce zdobywania pokarmu oraz składowania odpadków i nieczystości wynoszonych z gniazda.
W gdańskim formikarium zadomowił się egzotyczny gatunek, Atta cephalotes czyli mrówki tnące liście. Kolonia zbudowana z milionów osobników tworzy ogromne, sięgające niekiedy kilku metrów sześciennych gniazda.
Podstawą do jego konstrukcji są hodowane przez mrówki grzyby wyrastające ze zbitej masy fragmentów roślin, które robotnice tną i nawożą własnymi odchodami. Grzyby są również dla mrówek bazą pokarmową.
